path攻略（生物信息传统技能）

新下载的生物信息学软件已经命名并安装成功，但为什么直接运行仍提示“命令未找到”？这个问题困扰了很多人，都是PATH变量造成的。因为Linux命令行没有图形界面，所有的设置都是通过文本来完成的，最重要的用户设置是bashrc文件。bashrc配置文件很重要，相当于图形界面的设置选项。很多时候命令找不到，XXX不见了，可能跟这个有关。

bashrc

Bashrc:为每个运行bash shell的用户执行这个文件。当bash shell打开时，文件被读取，其中rc是“run configure”的缩写。在每个用户的主目录中，当我们使用ls -a命令时，我们会看到四个以bash开头的隐藏文件。

$ ll -a .bash* -rw -。1 meta bio 25K 11月19日20:51。bash_history-rw-r - r -1 meta bio 18年11月9日18。bash_logout-rw-r - r -。1 meta bio 141 2019年11月9日。bash _ p profile-rw-r-r-。1元生物1.7K Sep 9 14:30。巴沙尔PATH变量简介

PATH变量是Linux系统默认的程序路径。当您在命令行上键入命令时，系统将从path变量中设置的目录中搜索程序，并且哪个命令也将从PATH变量中搜索。Linux系统中常见的软件找不到“找不到命令…”多半是因为PAHT变量设置不成功。PATH变量可以极大地方便软件的使用，无需使用完整的路径。您可以通过直接使用任何目录中的软件名称来运行它，否则您需要始终使用完整路径。

#显示当前默认的软件路径Echo $ Path其中Windows系统下也有一个PATH变量。

如何修改PATH变量

PATH变量将包含多个软件路径。在命令行输入命令时，比如ls，软件会自动从path变量的路径中按顺序搜索同名软件。如果找到，直接运行；如果找不到，就在下一个目录中查找，以此类推。当所有目录都找不到时，会提示“找不到命令…”。修改PATH变量时必须小心。你需要提前备份一份。如果设置不正确，可以再次恢复。

#先备份cp ~/。bashrc ~/.bashrc.bak#打开vim，修改vim ~/。bashrc#将路径添加到PATH变量中，该变量可以添加在一行中，或者创建一个新行，export path=' $ path3360。/3360/usr/bin 3360/if S1/software/bin。

一旦知道如何添加PATH变量，就可以直接将生物软件的安装目录添加到PATH变量中。然而，生物软件有许多路径，因此将每个软件安装目录都添加到PATH变量中是没有效率的。比较好的解决方法是在系统中创建一个biosoft目录和一个bin目录(bin代表二进制，是二进制可执行程序的意思)，将软件安装在biosoft目录下。只需将每个软件可执行程序链接到bin目录，最后将这个bin目录的完整路径添加到PATH变量中即可。以后每次安装新程序，只要把软件链接到bin目录就行了。这个过程相当于在windows系统中创建桌面快捷方式。

#创建软件安装目录和快捷方式目录mkdir ~/biosoft ~/bin #将bin目录添加到。bashrc文件导出路径=' $ path3360 ~/bin/3360 $ path' #将可执行程序链接到ln-s biosoft/ont-guppy-CPU/Bin/guppy _ base caller ~/binln-biosoft/ont-guppy-CPU/Bin/guppy _ bar coder ~/binln-biosoft/ont-guppy-CPU/Bin/guppy _ aligner ~/Bin #自动完成运行guppy _ basecallerguppy _